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En la última jornada (5 de junio de 2004), Dresde perdió 1-0 ante 12.000 aficionados en el KFC Uerdingen 05, pero aún así se logró el ascenso. Dado que en la segunda mitad de la temporada se anotaron 28 puntos, el club podría esperar mantenerse en clase hasta la última jornada. Después de una derrota por 1-2 ante el Kickers Emden en la novena jornada y de caer al undécimo puesto de la clasificación, lo que significaría la no clasificación para la tercera liga de pista única, equipaciones de futbol baratas el club asumió las consecuencias el 24 de septiembre de 2007 con la destitución del entrenador. Norberto Meier. Aunque en la cuarta jornada todavía hubo una victoria ante los aplausos de aproximadamente el equipo sólo consiguió un empate ante el FC St. Pauli en la penúltima jornada, pero necesitaba una victoria para mantener las posibilidades matemáticas de ascenso en la última jornada. Con una victoria contra el Rot-Weiß Erfurt (2:1), el Dynamo terminó octavo en la jornada 34, detrás del FC Erzgebirge Aue. El club terminó la temporada 2012/13 en el puesto 14 de la clasificación del Premjer Liha y sólo pudo evitar por poco el descenso a segunda división. El KFC Uerdingen 05, decimosexto clasificado, no recibió licencia para la siguiente temporada y descendió a la Regionalliga West. Finalmente, equipaciones de fútbol el Dynamo descendió a la liga regional el 14 de mayo de 2006 con 41 puntos tras una victoria por 3-1 ante el Hansa Rostock debido a la falta de ayuda del VfL Bochum.
Algunos clubes se vieron obligados a cambiar su nombre, entre ellos SK Jugoslavija, que, debido a su nombre proyugoslavo, acabó llevando el nombre de SK 1913 a partir de 1941. Después de la ampliación a partir de 1948, la capacidad era de 40.000 espectadores en la década de 1950, pero luego se redujo aún más debido al creciente deterioro del estadio. Entre otras cosas, nombró como director técnico al agente de jugadores Willi Konrad, que ya ocupaba un puesto de responsabilidad en el Kickers Offenbach durante el escándalo de la Bundesliga en los años 70. Wolfgang Niersbach: 85 años de Fortuna Düsseldorf. Desde los años 20, Fortuna juega regularmente en la primera división de la Asociación de Caza de Alemania Occidental. Sin embargo, la decisión sobre el tema del estadio, que lleva años abierto, fue más del agrado de los aficionados y del club. Mientras que la gimnasia se había convertido en un deporte conservador a más tardar desde la fundación del Imperio, a principios de siglo la parte progresista de la clase media practicaba más deportes de influencia inglesa, como el fútbol, el tenis o el remo. El 11 de noviembre de 1945, el gobierno militar francés aprobó la reanudación de los deportes organizados en Mainz, que había sido rechazada en octubre.
La temporada 1994/95 fue finalmente la última temporada de la Bundesliga para el Dynamo Dresden: en noviembre de 1994, Horst Hrubesch reemplazó en el puesto de entrenador a Sigfried Held, quien se mudó a Japón. Con el entrenador Sigfried Held, el club pudo evitar un descenso aparentemente seguro en una temporada emocionante. El propio Pacult pidió comprensión a los aficionados: "Me voy con una gran lágrima en los ojos", dijo. El propio Maas negó las acusaciones y afirmó que el club se había anticipado a su propio despido: "Quien me condene ahora tiene que hacerlo". Conocemos las circunstancias", dijo el entrenador, que en mayo de 2006 dijo: "Un club tradicional como éste no se abandona después de seis meses" cuando se renovó su contrato en mayo de 2006. Estos cambios se anunciaron en una asamblea general extraordinaria. reunión del 24 de mayo de 2008 confirmada por mayoría de dos tercios. El contrato para el nuevo edificio del estadio Rudolf Harbig se firmó en mayo de 2007; la construcción comenzó en noviembre de 2007. El plazo de construcción del nuevo estadio fue de dos años. El Dynamo comenzó la primera temporada (2008/09) de la nueva 3.ª liga con una plantilla completamente renovada, formada principalmente por jugadores jóvenes. En la temporada 2006/07 de la liga regional, el objetivo declarado era el ascenso inmediato y, como era de esperar, consiguieron 13 puntos en los primeros seis partidos.
En la temporada 2001/02, el equipo de Fuggerstadt se proclamó campeón de la Bayernliga y así consiguió ascender de nuevo a la tercera división Regional Sur. No fue hasta 2002 que el club, que había batido todos los récords de asistencia en las ligas inferiores, finalmente logró ascender a la nueva Regionalliga Nord. En 1997 estuvo a punto de ascender a la Regionalliga West/Südwest; En la penúltima jornada el segundo equipo perdió ante el FC Wegberg-Beeck, lo que permitió al Bonner SC superarlo con dos victorias. Sólo en la penúltima jornada el TSV 1860 Munich consiguió el descenso con una victoria en casa por 1-0 contra su rival del descenso, el 1. FC Saarbrücken. Los 20.000 aficionados del Dynamo que viajaron con ellos celebraron contra el TSV 1860 Munich en el nuevo Allianz Arena y así ascendieron al tercer puesto de la tabla, tras lo cual siguieron doce partidos fallidos y otra caída a la zona de descenso. En el partido inaugural en el Rot-Weiß Erfurt, el equipo ganó 0-1 con el primer gol de la nueva 3.ª liga, anotado por el recién llegado Halil Savran. A principios de agosto de 2008 se completó la grada oeste del nuevo estadio y se inauguró el 9 de agosto con un partido contra el club holandés de primera división Willem II Tilburg. El primer año del 2. Como era de esperar, la Bundesliga (temporada 2004/05) se caracterizó por la lucha contra el descenso. El resto de la temporada se caracterizó por la lucha por el décimo puesto; la clasificación segura para la 3.ª liga sólo se consiguió en el último partido en casa, a pesar de la derrota por 0-2 ante los aficionados del Werder Bremen.